根据《中华人民共和国合同法》（1999年）第一百一十一条，我们可以为货物质量问题扣除货款的合法性找到明确依据。
该法条规定：“质量不符合约定的，应当按照当事人的约定承担违约责任。对违约责任没有约定或者约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定的，受损害方根据标的的性质以及损失的大小，可以合理选择要求对方承担修理、更换、重作、退货、减少价款或者报酬等违约责任。” 结合问题，若货物质量不符合合同约定，买方扣除货款（即减少价款）属于该法条允许的违约责任承担方式；若合同无约定，买方需先按第六十一条补充约定，仍无法确定时，可根据质量问题的性质（如是否影响使用）和损失大小（如维修费用、替代成本），合理决定扣除金额，此行为合法。但若未满足上述条件直接扣款，则可能违法。
处理货物质量问题扣除货款的纠纷，可参考以下实用行动建议：
1. 固定质量问题证据：立即对货物质量问题进行拍照、录像，委托权威机构出具质量检测报告，保存好合同、送货单等原始文件，避免因证据不足无法主张权利。
2. 书面通知卖方质量问题及扣款意向：通过邮件、函件等书面形式告知卖方货物存在的质量问题，引用合同条款或法律规定说明扣款的依据和金额，要求卖方在合理期限内回复，为后续协商或诉讼留存沟通记录。
3. 尝试协商或第三方调解：先与卖方协商解决方案，如调整扣款金额、换货等；若协商不成，可向消费者协会或行业协会申请调解，借助第三方力量促成和解。
选择解决方案时，需重点考虑证据的充分性、卖方的配合程度及纠纷解决的时间成本。若您对证据收集或协商策略有疑问，欢迎进一步向律师咨询，获取针对性指导。

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