关于公司请假扣完加班费后是否还会扣底薪，这一问题需结合劳动合同与公司规章制度具体分析。
公司请假扣完加班费后是否扣底薪，主要取决于劳动合同约定与公司合法有效的规章制度。

1. 若劳动合同或规章制度明确约定“请假优先抵扣加班费，抵扣后仍有假期天数的，按比例扣减底薪”：则公司可在扣完加班费后扣底薪，但扣减比例需符合法律规定（如事假扣减比例不超过当日底薪）。
2. 若劳动合同或规章制度未明确约定“加班费优先抵扣假期”：则公司不得随意用加班费抵扣请假天数，更不能在未抵扣加班费的情况下直接扣底薪。
3. 若请假属于法定带薪假（如病假、年假）：则公司既不能扣加班费，也不能扣底薪，需按法律规定支付相应工资。
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公司请假扣完加班费后扣底薪的问题中，不少劳动者存在以下错误操作，可能导致权益受损：
1. 未留存扣薪证据：部分劳动者未保存工资条、请假记录、与公司的沟通记录等关键证据，后续维权时因缺乏证据无法证明公司扣薪事实。
2. 超过仲裁时效维权：劳动争议申请仲裁的时效为一年，若劳动者在知道公司扣薪后超过一年才主张权益，仲裁机构可能不予受理，丧失胜诉权。
3. 盲目签署“自愿扣薪协议”：部分公司以“流程要求”为由让劳动者签署自愿扣减底薪的协议，劳动者未仔细阅读内容便签字，导致后续无法主张返还被扣工资。

若你已出现上述错误操作，或担心权益受损，可及时向专业律师咨询，寻求补救措施。
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针对“公司请假扣完加班费后是否扣底薪”的问题，我们可依据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》的相关条款进行分析。
《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定：“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬……”该条款明确加班费是劳动者额外劳动的报酬，与正常工作时间的底薪分属不同工资构成。《工资支付暂行规定》第十五条规定：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：……（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”若公司未在劳动合同或合法规章制度中约定“加班费抵扣请假”，则扣完加班费后再扣底薪属于“克扣工资”，违反上述规定。综上，若公司无合法约定，扣完加班费后扣底薪的行为不合法。
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公司请假扣完加班费后是否扣底薪，存在以下特殊情况或例外情形，会影响问题处理：
1. 请假属于工伤医疗期：若劳动者因工伤请假，根据《工伤保险条例》第三十三条，工伤医疗期内原工资福利待遇不变，公司既不能扣加班费，也不能扣底薪，需按正常标准支付工资。此时公司若扣完加班费后再扣底薪，属于严重违法行为，劳动者可直接主张全额工资支付。
2. 公司规章制度未依法制定：若公司关于“加班费抵扣请假、扣减底薪”的规章制度未经过职工代表大会或全体职工讨论通过，也未向劳动者公示，则该规章制度无效，公司据此扣薪的行为不合法。例如：公司私下制定“请假优先扣加班费，不足部分扣底薪”的规则，但未公示，劳动者可主张该规则无效，要求公司返还被扣底薪。
3. 劳动者与公司达成书面协议：若劳动者与公司就“请假抵扣加班费后扣底薪”达成书面协议，且协议内容不违反法律强制性规定，则公司可按协议扣薪。但协议需是劳动者真实意愿，若存在欺诈、胁迫等情形，协议可撤销。

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